NextSeq 1000/2000測(cè)序系統(tǒng)外顯子組測(cè)序解決方案的介紹
· 一體化的文庫(kù)制備與外顯子組富集，可高度均一地覆蓋編碼區(qū)
· 靈活、可擴(kuò)展的臺(tái)式基因測(cè)序系統(tǒng)，可實(shí)現(xiàn)卓越的數(shù)據(jù)質(zhì)量
· 機(jī)載數(shù)據(jù)分析流程在檢出常見突變和罕見體細(xì)胞變異方面的性能屢獲殊榮
簡(jiǎn) 介
簡(jiǎn)單、高效的工作流程
NextSeq 1000/2000外顯子組測(cè)序解決方案提供了簡(jiǎn)化的集成式工作流程，使研究人員能夠大幅提高工作效率。首先使用文庫(kù)試劑盒（ 如 Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment）進(jìn)行文庫(kù)制備和外顯子組富集，將制備好的文庫(kù)加載到流動(dòng)槽中，然后裝入NextSeq 1000/1000-CN和NextSeq 2000/2000-CN系列測(cè)序系統(tǒng)（以下統(tǒng)稱“NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)”） 進(jìn)行測(cè)序（ 圖2）。NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)具有多種測(cè)序流動(dòng)槽配置，研究人員可以根據(jù)自己的需求擴(kuò)展外顯子組研究。
一體化的文庫(kù)制備與外顯子組富集
使用快速、具有與磁珠結(jié)合的轉(zhuǎn)座酶化學(xué)技術(shù)的Illumina DNAPrep with Exome 2.5 Enrichment試劑盒用于DNA文庫(kù)制備，搭配使 ist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel 試劑盒進(jìn)行外顯子富集，使研究人員能夠快速識(shí)別出真正的編碼變異。只需10ng起始量即可全面覆蓋外顯子組，這使得實(shí)驗(yàn)室能夠分析寶貴的 DNA 樣本，同時(shí)它還具有高度均一的覆蓋率和富集率。對(duì)低頻變異的高靈敏度檢測(cè)，可幫助實(shí)驗(yàn)室準(zhǔn)確識(shí)別真正的編碼變異和罕見體細(xì)胞突變。On-Bead Tagmentation省去了機(jī)械剪切步驟，將工作流程簡(jiǎn)化至所需總時(shí)間大約6小時(shí)，而親自動(dòng)手操作時(shí)間不到2小時(shí)。使用Illumina DNA Prep with Enrichment，研究人員可以從包括Illumina、Twist和IDT在內(nèi)的多家供應(yīng)商中選擇 panel內(nèi)容。這意味著研究人員可以在多個(gè)外顯子組 panel中保留Illumina DNA Prep with Enrichment的工作流程和數(shù)據(jù)質(zhì)量?jī)?yōu)勢(shì)。
NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)
NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)與Illumina 以及第三方的一系列文庫(kù)制備試劑盒兼容，具備跨應(yīng)用的靈活性。研究人員能夠在多個(gè)測(cè)序項(xiàng)目之間輕松轉(zhuǎn)換，如外顯子組、群體細(xì)胞和單細(xì)胞 RNA 測(cè)序（RNA-Seq）以及其他應(yīng)用（表2）。
*測(cè)序通量可能因多種因素而異，包括所使用的外顯子組panel 大小和文庫(kù)制備試劑盒。
實(shí)現(xiàn)“真正的編碼變異”檢出
檢出真正的編碼變異是指準(zhǔn)確檢出一個(gè)不同于編碼區(qū)域內(nèi)一致性序列的堿基。它不是假陽(yáng)性（變異被檢出，但它并非真正存在）或假陰性（變異真正存在，但未被檢出）。假陽(yáng)性率高的系統(tǒng)需要大量的下游驗(yàn)證，增加了成本和實(shí)驗(yàn)時(shí)間。假陰性高的系統(tǒng)未能檢測(cè)到潛在的重要結(jié)果，因?yàn)樗鼈兺挥诟叨戎貜?fù)或含有同聚物延伸的區(qū)域。實(shí)現(xiàn)真正的編碼變異檢出需要高質(zhì)量的文庫(kù)制備和富集、出色的測(cè)序準(zhǔn)確性和二級(jí)分析準(zhǔn)確性，這正是Illumina 搭載XLEAP-SBS 化學(xué)技術(shù)的NextSeq 1000/2000 系列測(cè)序系統(tǒng)能夠提供的。
利用XLEAP-SBS化學(xué)技術(shù)實(shí)現(xiàn)深入探索
XLEAP-SBS化學(xué)技術(shù)，是Illumina迄今為止最快、數(shù)據(jù)質(zhì)量最高、最可靠的測(cè)序化學(xué)技術(shù)，搭載這種技術(shù)后，Nextseq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)一躍成為了Illumina所有臺(tái)式測(cè)序儀中通量最高、單樣本測(cè)序成本最低的測(cè)序系統(tǒng)。在2×100 bp時(shí)，該測(cè)序儀可實(shí)現(xiàn)出色的準(zhǔn)確率，可做到 ≥ 85%的堿基分值高于Q30†（表2），即使在高難度區(qū)域（如富含GC的區(qū)域或同聚物）也有很高的準(zhǔn)確率，可檢出更多真正的編碼變異。極低的假陽(yáng)性和假陰性率大大減少了下游驗(yàn)證的時(shí)間和成本。NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)可提供卓越的數(shù)據(jù)質(zhì)量，是全面研究外顯子組的理想選擇。NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)采用支持所有 Illumina測(cè)序系統(tǒng)久經(jīng)考驗(yàn)的下一代測(cè)序技術(shù)，使研究人員能夠比較和整合跨系統(tǒng)生成的數(shù)據(jù)。例如，NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)的外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)既可與基于追蹤性研究的靶向panel 檢測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，也可與 NovaSeq™ X測(cè)序系統(tǒng)上運(yùn)行的大規(guī)模外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)相整合（表3）。
使用DRAGEN二級(jí)分析實(shí)現(xiàn)簡(jiǎn)化分析
NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)通過DRAGEN Enrichment流程進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，可在測(cè)序運(yùn)行完成后兩小時(shí)內(nèi)輸出準(zhǔn)確的變異檢出結(jié)果。在生殖細(xì)胞和體細(xì)胞的基因組比對(duì)和小變異檢出方面，這種方法都具有出色的準(zhǔn)確性6-8。
‡ NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)包含DRAGEN硬件。儀器隨附DRAGEN 許可證，無(wú)需單獨(dú)購(gòu)買。
§ 在2020 PrecisionFDA Truth Challenge v2真相挑戰(zhàn)賽中，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的難以繪制區(qū)域和所有基準(zhǔn)區(qū)域的測(cè)序分析中，DRAGEN二級(jí)分析獲得了“最佳表現(xiàn)獎(jiǎng)”7,8。
表2：用于外顯子組測(cè)序的NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)的性能參數(shù)
b. 運(yùn)行時(shí)間的計(jì)算包括了NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)上的簇生成、測(cè)序和堿基檢出。
c. 質(zhì)量分值的計(jì)算基于Illumina PhiX質(zhì)控文庫(kù)。根據(jù)文庫(kù)類型和質(zhì)量、插入片段大小、上樣濃度及其他實(shí)驗(yàn)因素的不同，性能表現(xiàn)可能有所差異。高于Q30的堿基比例是基于整個(gè)運(yùn)行的平均值。
d. 用于P1、P2和P3流動(dòng)槽的XLEAP-SBS試劑于2024年第二季度上市。
e. P3和P4試劑僅適用于NextSeq 2000/2000-CN基因測(cè)序儀。
表3：因美納不同基因測(cè)序儀的外顯子組測(cè)序通量
b. P3和P4試劑僅適用于2000/2000-CN基因測(cè)序儀。
c. NovaSeq X Plus基因測(cè)序儀支持單流動(dòng)槽運(yùn)行或雙流動(dòng)槽運(yùn)行。NovaSeq X基因測(cè)序儀僅支持單流動(dòng)槽運(yùn)行。
d. 最多384個(gè)唯一雙標(biāo)簽序列可用。對(duì)于NovaSeq X系列，獨(dú)立通道上樣可實(shí)現(xiàn)更多樣本的多重分析。
總結(jié)
NextSeq 1000/2000外顯子組測(cè)序解決方案將NextSeq 1000/2000系列測(cè)序系統(tǒng)的強(qiáng)大、快速和靈活，與高質(zhì)量的文庫(kù)制備和富集選項(xiàng)以及用戶友好的分析軟件相結(jié)合，為編碼區(qū)變異檢出提供了一種集成式、靈活的測(cè)序方案。掃碼下載PDF文件了解更多詳情
1. NIH National Library of Medicine. RefSeq: NcBi Reference Sequence database. ncbi.nlm.nih.gov/refseq. Updated July 18,2023. accessed august 25, 2023.
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8. Mehio R, Ruehle M, catreux S, et al. dRaGeN Wins at Precision-Fda truth challenge V2 Showcase accuracy Gains from altaware Mapping and Graph Reference Genomes. illumina.com/ science/genomics-research/dragen-wins-precisionfda- challengeshowcase-accuracy-gains.html. Accessed August 25, 2023.
僅供研究使用，不得用于診斷。
發(fā)布者：因美納（中國(guó)）科學(xué)器材有限公司（Illumina）
聯(lián)系電話：021-60321066 (按1)
E-mail：china_info@illumina.com
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